Der Name Thomasberg (Otto de Domesperge aus dem Geschlecht der Krumbacher) wurde erstmals im Jahre 1192 in einer Urkunde des Herzogs Leopold VI. von Babenberg urkundlich erwähnt. 1348/49 tritt erstmals ein Heinrich von Königsberger in den Urkunden des Stiftes Reichersberg als Zeuge auf. Thomasberg wurde in Urkunden deswegen so wenig erwähnt, weil sowohl die Krumbacher als auch die Königsberger mehrere Herrschaften innehatten.
Im Jahre 1590 gehörten zur Herrschaft von Thomasberg 120 Häuser. Ludwig von Königsberg verkaufte 1612 die Herrschaften Thomasberg und Aspang an seinen Vetter Wolfgang II. Matthäus um 60.000 Gulden. Da dieser die ganze Summe nicht bezahlen konnte verkaufte er unter anderem seinerseits Ludwig das in Ungarn gelegene Zemendorf. Sie sicherten sich dabei gegenseitig Schutz und Schirm gegen fremde Rechtsansprüche zu. Diese Vertragsklausel wurde wirksam als 1627 dem ungarischen Palatin Nikolaus Esterhazy nach ungarischem Recht unter anderen Gebieten auch Zemendorf ausgefolgt werden musste. Ludwigs Sohn Ehrenreich Christoph III von Königsberg forderte als Erbe ab 1629 wiederholt vergeblich Wolfgang Matthäus zum Schadenersatz auf. Da dieser dem nicht nach kam klagte er den Ersatz der Liegenschaft am 31.3.1635 beim Landmarschall ein. Ehrenreich bekam im Zuge des Exekutionsverfahrens die Herrschaften Thomasberg und Aspang zugesprochen. Bald darauf verkaufte er diese an seine Ehefrau Eva Regina, geb. von Althan. Deren Tochter Maria Johanna verkaufte im Jahre 1654 zusammen mit ihrem Ehemann Johann Quintin Jörger die Herrschaften Thomasberg und Aspang an Carl von Pergen. Damit endete die rund 300 Jahre dauernde Herrschaft der Königsberger in Thomasberg.
Carl von Pergen war seit 1649 Obereinnehmer der nö. Landschaft und wurde 1650 in der Ritterstand aufgenommen und war von 1658 bis zu seinem Tode 1659 nö Regimentsrat. Sein Sohn Johann Heinrich war auch Steuereinnehmer der nö. Landschaft ab 1657 und wurde 1678 in den Herrenstand und 1699 in den Grafstand erhoben. Er war auch wirklicher Kämmerer Kaiser Leopolds I. Ihm folgte sein Sohn Graf Quintin Heinrich von Pergen, 1722 dessen Sohn Graf Anton Josef von Pergen und schließlich 1772 dessen Tochter Josefa, die mit dem Grafen Alois von Mitrowsky verheiratet war, der sie 1797 beerbte. Dieser verkaufte die Herrschaft Thomasberg im Jahre 1802 an Wenzel Josef Jähnl, von dem sie Freiherr Josef von Dietrich im Jahre 1815 käuflich erwarb. Dieser ließ einige Zimmer der bereits stark verfallenen Burg Thomasberg wieder Instand setzen und stellte auch die Toranlage wieder her. Er besaß Thomasberg bis zum Jahre 1855 und war somit der letzte Inhaber der im Jahr 1848 aufgehobenen Grundherrschaft Thomasberg.
Seitdem hatten Besitzer der Burg Thomasberg diese nur mehr als zivilrechtliche Eigentümer inne und zwar ab 1858 Fürst Ludwig von Sulkowsky und seit 1902 die Familie Hamburger, deren Mitglieder sie heute noch besitzen.
